É Professor Auxiliar do Departamento de Ciências e Tecnologias da Universidade Autónoma de Lisboa, e Investigador no Autónoma TechLab – Centro de Investigação em Tecnologias e na Unidade de Investigação Educação e Desenvolvimento (UIED) da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (FCT/UNL).
Possui Licenciatura e Mestrado em Física pela Universidade de Lisboa, e Doutoramento em Física, com especialização em Física das Altas Energias e Gravitação, pela Universidade de Durham, no Reino Unido.
Depois do Doutoramento, entre 1997 e 2007, trabalhou como Investigador de Pós-Doutoramento e como Professor Auxiliar, principalmente na Universidade do Algarve, no Centro Multidisciplinar de Astrofísica do Instituto Superior Técnico (CENTRA/IST) e no Centro de Electrónica, Optoelectrónica e Telecomunicações (CEOT).
Entre 2008 e 2015, trabalhou como Investigador Auxiliar na UIED e na FCT/UNL, e como Professor Visitante no Centro Universitário Univates, no Brasil.
Rui Neves realizou trabalho de investigação científica em Física das Altas Energias e Gravitação, Física Biomédica, Geofísica e Ciências da Educação, com diversos resultados relevantes que se encontram em vários artigos que publicou em revistas e livros científicos internacionais. Actualmente, os seus interesses de investigação envolvem:
- Em Ciências da Educação, teoria e desenvolvimento curricular, formação de professores, modelação, e métodos e tecnologias computacionais para melhorar as aprendizagens da física e da matemática nos diferentes cursos do ensino da ciência, tecnologia, engenharia e matemática, no ensino superior e no ensino secundário;
- Em Física das Altas Energias e Gravitação, teoria de supercordas, universos multidimensionais com membranas, teoria quântica do campo não-perturbativa, e implicações para a cosmologia, fenomenologia de partículas elementares, astrofísica e física da matéria condensada;
- Em Física Biomédica, teoria da propagação de fotões em meios túrbidos e biológicos, e implicações para o desenvolvimento de métodos analíticos e numéricos para imagiologia e fototerapia;
- Em Física, Matemática e Tecnologia, comunicação e computação quântica, e desenvolvimento de dispositivos electrónicos, optoelectrónicos e de tecnologias da informação e computação, e.g., células solares, supercondutores e computadores quânticos.