Instituto de Estudos Superiores Militares – Desde o ano letivo 2007/2008 que a Universidade Autónoma de Lisboa, através do Departamento de Relações Internacionais elaborou um protocolo com o IESM – Instituto de Estudos Superiores Militares. Este protocolo, que continua em vigor, permite à UAL lecionar a parte letiva do Mestrado em Estudos da Paz e da Guerra naquela instituição, incorporada no Curso de Estado Maior Conjunto, curso destinado a oficiais superiores dos três ramos das Forças Armadas.

Recentemente, já no ano letivo 2010/2011, a Universidade Autónoma de Lisboa, através do Departamento de Relações Internacionais, efetuou um protocolo com o Instituto de Defesa Nacional. O principal intuito desta iniciativa é o de desenvolver e aprofundar as relações interinstitucionais no âmbito da cooperação científica e investigação nos domínios de segurança e defesa nacional.