A Universidade Autónoma foi criada pela Cooperativa de Ensino Universitário (CEU), em 13 de Dezembro de 1985, a qual é responsável pela gestão económica e financeira da Universidade, enquanto centro de criação, transmissão, crítica e difusão da cultura, ciência e tecnologia.
Ela é hoje uma estrutura flexível, que permite racionalizar em cada momento, a estrutura
organizativa mais adequada, com vista à harmonia entre os diversos órgãos académicos.
Os Órgãos Sociais da C.E.U. são o Conselho de Administração, a Assembleia Geral e o
Conselho Fiscal, sendo os seus titulares eleitos por mandatos de quatro anos.